Deskripsi¶
Script Python untuk visualisasi struktur dan komposisi vegetasi berdasarkan fase pertumbuhan (Semai, Pancang, Tiang, Pohon). Menghasilkan dua visualisasi utama:
Distribusi spesies terhadap gradien elevasi
Spesies dominan berdasarkan Indeks Nilai Penting (INP)
Requirements¶
pandas
matplotlib
seabornInstalasi¶
pip install pandas matplotlib seabornPenggunaan¶
1. Import Library¶
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
sns.set_theme(style="whitegrid")2. Load dan Label Data¶
# Membaca data
df_semai = pd.read_csv('data_semai.csv')
df_pancang = pd.read_csv('data_pancang.csv')
df_tiang = pd.read_csv('data_tiang.csv')
df_pohon = pd.read_csv('data_pohon.csv')
# Labeling fase pertumbuhan
df_semai['Fase'] = 'Semai'
df_pancang['Fase'] = 'Pancang'
df_tiang['Fase'] = 'Tiang'
df_pohon['Fase'] = 'Pohon'
# Gabungkan semua data
df_all = pd.concat([df_semai, df_pancang, df_tiang, df_pohon], ignore_index=True)3. Visualisasi 1: Distribusi Elevasi¶
plt.figure(figsize=(10, 6))
sns.scatterplot(
data=df_all,
x='Ketinggian (mdpl)',
y='Jumlah Jenis',
hue='Fase',
style='Fase',
s=100,
palette='viridis'
)
plt.title('Hubungan Ketinggian Tempat vs Jumlah Jenis Tumbuhan',
fontsize=16, weight='bold')
plt.xlabel('Ketinggian (mdpl)', fontsize=12)
plt.ylabel('Jumlah Jenis (Spesies)', fontsize=12)
plt.legend(title='Fase Pertumbuhan', bbox_to_anchor=(1.05, 1), loc='upper left')
plt.tight_layout()
plt.show()Output: Scatter plot yang menampilkan pola distribusi jumlah spesies pada berbagai ketinggian untuk setiap fase pertumbuhan.
4. Visualisasi 2: Spesies Dominan¶
# Ambil 3 spesies teratas per fase
top_species = df_all.sort_values('INP (%)', ascending=False).groupby('Fase').head(3)
plt.figure(figsize=(12, 7))
sns.barplot(
data=top_species,
x='INP (%)',
y='Jenis Dominan',
hue='Fase',
dodge=False,
palette='viridis'
)
plt.title('Spesies Dominan Berdasarkan Indeks Nilai Penting (INP)',
fontsize=16, weight='bold')
plt.xlabel('Indeks Nilai Penting (%)', fontsize=12)
plt.ylabel('Nama Spesies', fontsize=12)
plt.legend(title='Fase Pertumbuhan', loc='lower left')
plt.tight_layout()
plt.show()Output: Bar plot horizontal menampilkan 3 spesies dengan INP tertinggi untuk setiap fase pertumbuhan.
Format Data Input¶
File CSV harus memiliki kolom:
Ketinggian (mdpl): Elevasi lokasiJumlah Jenis: Jumlah spesiesJenis Dominan: Nama spesies dominanINP (%): Indeks Nilai Penting
Fase Pertumbuhan¶
| Fase | Kriteria |
|---|---|
| Semai | Tinggi < 1.5 m |
| Pancang | Tinggi > 1.5 m, Diameter < 10 cm |
| Tiang | Diameter 10-19 cm |
| Pohon | Diameter ≥ 20 cm |
Interpretasi Visualisasi¶
Plot 1: Ketinggian vs Jumlah Jenis¶
Menunjukkan zonasi vegetasi terhadap elevasi
Identifikasi zona optimal untuk setiap fase
Pola keanekaragaman vertikal
Plot 2: Spesies Dominan¶
INP > 100% = dominasi sangat tinggi
Mengidentifikasi spesies kunci ekosistem
Perbandingan dominansi antar fase
Referensi¶
Adhya, I., Hendrayana, Y., Supartono, T., Ismail, A.Y., & Nurdin. (2021). Vegetation structure and species composition of habitat types Goniothalamus macrophyllus (Blume) Hook.f. and Thomson in Lowland Forest, Kuningan Regency, West Java. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 819, 012063. Adhya et al. (2021)
Highlights dari penelitian:
Lokasi: Hutan dataran rendah, Kabupaten Kuningan, Jawa Barat
Elevasi: 432 - 1,273 m dpl
Komposisi: 108 jenis semai, 125 jenis pancang, 98 jenis tiang, 105 jenis pohon
Dominansi tertinggi: Coffea spp. (semai), Decapermum paniculatum (pancang), Villebrunea rubenscens (tiang & pohon)
Note: Script ini fokus pada visualisasi data yang sudah terproses. Untuk metodologi analisis vegetasi lengkap, lihat paper Adhya et al. (2021).
Notebook¶
Notebook dari repositori ini, tampil lengkap dengan sel kode dan hasilnya:
Anveg.ipynb · GitHub · Colab
- Adhya, I., Hendrayana, Y., Supartono, T., Ismail, A. Y., & Nurdin. (2021). Vegetation structure and species composition of habitat types Goniothalamus macrophyllus (Blume) Hook.f. and Thomson in Lowland Forest, Kuningan Regency, West Java. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 819(1), 012063. 10.1088/1755-1315/819/1/012063